发包人与承包人或者总包人与分包人(挂靠人、转承包人、违法分包人等实际施工人)如不能就工程结算达成一致,则可能酿成诉讼或仲裁,并且随着矛盾的加深,保修义务、交付资料、配合备案、交付不动产等履行义务也可能受阻。而如果达成一致的,除少数案件双方仅口头确认、达成口头协议的,其他情况下往往签订《结算协议》,对双方的结算主体、结算范围、结算结果、让步情况及相应的欠付款项行等子以明确。法官应当从以上方面对结算协议是否成立、是否有效进行查。

需要指出的是,基础合同的无效,并不意味着结算协议无效。

在建设工程施工合同无效的情形下,当事人签订的结算协议如果独立于建设工程施工合同存在,系对既存债权债务关系的结算与清理,则可以认定为有效。

最高人民法院(2014)民终字第61号中认为,首先,从该结算协议的订立背景看,是因发包方未按双方约定支付工程进度款、退还履约保证金和支付利息的情况下签订的;其次,从该协议的订立目的和内容上看,是确认承包方已完工程范围及价值、明确欠款数额及发包方所应承担的逾期付款违约金责任。也就是说,发承包双方在签订结算协议之前已就涉案工程价款结算问题达成一致意见。而签订结算协议只是对发包方未按约支付工程款及其所应承担的逾期付款违约金责任的另行约定。所以,该绩协议在性质上属于发承包双方对既存债权锁务关系的结算和清理、确认结算协议在法律效力上的独文性和约束力不违反法律行政法规的效力性强制性规定。据此，认定该结算协议合法有效。同样《江苏省高级人民法院关于审理建设工程施工台同纠纷案件若于问题的解答》第不条认为,合同行完毕后当事人达成的结算协议具有独立性,施工合同是否有效不影响结算协议的效力。上述观点无疑是正确的。投面事圣件以尊重当事人意志为原则)确定结算协议的有效性,有利于诉讼和仲裁的顺利解决,对当事人的利益平衡也大有裨益。反而,若司法或仲裁以“无效”为由推翻结算协议的效力,会造成当事人的利益失衡,也造成审理进程停滞,加大案件审理的难度,不利于化解矛盾。所以,只要双方达成的结算协议并没有恶意损害第三人利益等情况,就应当确认其效力。

在一些包工头所涉的分包(违法分包、转包、挂靠)等案件中,结算协议的最终形式往往为一张“欠条”,对应付款、已付款等均没有明确,而仅仅明确欠付款项金额,并且往往明确款项支付的期限。如《欠条》中载明:“今欠陈永安工程款合计人民币伍拾肆万零柒佰元整(540,700元),于农历年前全部付清。孟某某2016年6月30日。”包工头在出具欠条时,往往还会“温柔的一刀”,即逼迫农民工或者小包工头在结算应得的款项上再次做出让步–往往是零头予以放弃。该种欠条属于结算结果中最为简明、证明力最高的,要予以推翻则十分困难。对于法官而言,往往只需要审查2016年6月30日以后,孟某某是否支付过款项、支付过几何款项即可。而少数情况下法官对该欠条有合理怀疑的,则应当进一步审查基础债权债务情况。